Понякога, когато програмирате машинна обработка, може да срещнете ситуация, при която група програмни сегменти се появява многократно в една програма или се използва в няколко програми. Можем да извлечем тази група програмни сегменти, да ги наименуваме и да ги съхраним отделно; тази група програмни сегменти се нарича подпрограма. Подпрограмата е програмен сегмент за обработка, който може да бъде извикан от подходящи инструкции за управление на машинния инструмент и обикновено има независимо значение по време на обработка. Програмата за обработка, съдържаща инструкцията за извикване на подпрограма от първо-ниво, се нарича основна програма. Инструкцията за извикване на подпрограма също е програмен сегмент, който обикновено се състои от инструкцията за извикване на подпрограмата, името на подпрограмата и броя на извикванията. Конкретните правила и формати варират в зависимост от системата. Например, за същата инструкция „извикване на подпрограма номер 55 веднъж“, системата FANUC използва „M98 P55.“, докато американската система AB използва „P55x“.
Подпрограмите могат да бъдат вложени, тоест едно ниво в друго. Връзката между горното и долното ниво е същата като връзката между основната програма и подпрограмата от първо-ниво. Максималният брой вложени нива се определя от конкретната CNC система. Формата и съставът на подпрограмата са до голяма степен същите като тези на главната програма: първият ред е номерът на подпрограмата (името), а последният ред е инструкцията "край на подпрограмата", като тялото на подпрограмата е между тях. Инструкцията за край на основната програма обаче прекратява основната програма и нулира CNC системата; неговите инструкции са стандартизирани, като всяка система използва M02 или M30. Инструкцията за край на подпрограмата, от друга страна, прекратява подпрограмата и се връща към главната програма или предишната подпрограма. Неговите инструкции варират в различните системи; например системите на FANUC използват M99, системите на Siemens използват M17, а системите AB (American A/B) използват M02.
